数据库简介

天然产物科学数据库由中科院上海有机所化学科学数据中心开发建设，收录了超过20万已知天然产物数据，并且集成了专业的数据筛选发现功能。
数据内容包括天然产物化合物标识、化学结构、名称、类型、计算预测类药性质、来源生物信息、参考文献等。 其中，天然产物化合物标识数据包括SRN、CASRN、InchiKey，化学结构数据包括分子式、元素组成、Mol、SMILES、Inchi，名称数据包括中英文俗名、系统命名、半系统命名等； 天然产物类型为生物体产生天然产物的生物合成或代谢通路类型，包括生物碱（Alkaloids）、氨基酸（Amino acids）、肽类（Peptides）、脂肪酸（Fatty acids）、聚酮（Polyketides）、碳水化合物（Carbohydrates）、萜类化合物（Terpenoids）、苯丙素类（Phenylpropanoids）等； 计算预测类药性质数据包括分子量（Molecular weight）、环数（Number of rings）、芳香环数（Number of aromatic rings）、氢键供体数（Number of H-bond donors）、氢键受体数（Number of H-bond acceptors）、可旋转键数（Number of rotatable bonds）、脂水分配系数（Mol LogP）、定量类药性评估（QED）、人工合成难度（Synthetic accessibility）等； 天然产物来源包括植物源天然产物（Botanical natural products）、动物源天然产物（Zoological natural products）、细菌源天然产物（Bacterial natural products）、真菌源天然产物（Fungal natural products）、海洋源天然产物（Marine natural products）、人源天然产物（Human natural products）、病毒源天然产物（Viral natural products）等； 来源生物信息包括来源生物物种名称、中英文通用名称、科学命名、物种类别、产地、中草药来源、取用部位、提取组分、分离方法、鉴定方法、物种目录信息等； 参考文献数据包括标题、作者、单位、摘要、来源期刊/书籍、出版时间、原文链接等。

数据库数据来源于海量天然产物研究文献文本挖掘和人工标引分析，并将持续更新数据内容、扩增数据挖掘分析功能、提高数据质量。

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项目支持：
中国科学院网络安全与信息化专项-应用示范项目

研究论文
Tingjun Xu et al. NPBS database: a chemical data resource with relational data between natural products and biological sources. Database 2020, baaa102. DOI: 10.1093/database/baaa102